Tidak hanya rute Bogor, KRL Cikarang/Bekasi juga akan dialihkan. Tidak ada lagi rute Stasiun Cikarang/Bekasi ke arah Stasiun Jakarta Kota. Dari Stasiun Cikarang/Bekasi rutenya akan memutar ke arah Sudirman, Tanah Abang, Duri, Kampung Bandan, Jatinegara, dan kembali ke Cikarang.
Bagi penumpang yang akan ke arah Jakarta Kota dari Bekasi ataupun Cikarang bisa melakukan transit di Stasiun Manggarai dan berganti kereta menuju jalur Bogor-Jakarta Kota
