Namun dengan hilangnya nama dua tokoh Nahdlatul Ulama yakni KH Hasyim Asy’ari di jilid I dan KH Abdurrahman Wahid di jilid II menunjukkan buku ini tidak bisa menjadi rujukan pembelajaran di sekolah dan madrasah.
Hal ini dikatakan Ketua Umum NU Circle (Masyarakat Profesional Santri) R. Gatot Prio Utomo yang menilai buku ini nantinya akan membuat generasi muda kehilangan tokoh-tokoh nasional, yang berjuang hidup dan mati, untuk merebut kemerdekaan bangsa Indonesia.
Sebelumnya, Kamus Sejarah Indonesia Jilid 1 dan 2 diterbitkan di website rumahbelajar.id sebuah situs web yang terafiliasi dengan belajar.kemdikbud.go.id yang dimiliki oleh Kemendikbud. Namun, saat ini kamus dua jilid tersebut tiba-tiba tidak tersedia lagi atau hilang dari situs web itu.
Baca Juga:Nama Baasyir dan Amien Rais Ada di Buku Sejarah, Pendiri NU Malah Hilang