Fadli kemudian melanjutkan studinya di program studi Sastra Rusia, Fakultas Sastra Universitas Indonesia (kini FIB UI).
Semasa kuliah, Fadli aktif di berbagai organisasi, baik intra maupun ekstra kampus. Ia pernah menjadi Ketua Biro Pendidikan Senat Mahasiswa FSUI (1992-1993), Sekretaris Umum Senat Mahasiswa FSUI (1993), Ketua Komisi Hubungan Luar Senat Mahasiswa UI (1993-1994).
Fadli Zon aktif dalam kehidupan politik kampus dengan memimpin berbagai demonstrasi dan menghidupkan kelompok-kelompok studi di dalam kampus UI era awal 1990-an. Selain itu, ia juga bergabung dengan Teater Sastra UI.
Di luar kampus, ia pernah menjadi Sekjen dan Presiden Indonesian Student Association for International Studies (ISAFIS) pada 1993-1995, pengurus pusat KNPI (1996-1999), pengurus pusat Gerakan Pemuda Islam (1996-1999), dan anggota Asian Conference on Religion and Peace (ACRP) sejak 1996.
Baca Juga:Infeksi Jamur Aspergillosis Serang Sinus, Kenali 6 Gejalanya!
Pada tahun 1994, Fadli Zon terpilih menjadi Mahasiswa Berprestasi (Mawapres) I Universitas Indonesia dan Mahasiswa Berprestasi III tingkat Nasional dan memimpin delegasi mahasiswa Indonesia dalam ASEAN Varsities Debate IV (1994) di Malaysia.
Pada tahun 2002, ia mengenyam pendidikan di London School of Economics and Political Science (LSE) di bawah bimbingan John Harriss dan Robert Wade. Ia meraih gelar Master of Science (M.Sc) Development Studies dari The London School of Economics and Political Science (LSE) Inggris. Pada tahun 2016, ia meraih gelar doktoral dari Departemen Sejarah, Fakultas Ilmu Pengetahuan Budaya (FIB), Universitas Indonesia.
