2011–2013: Tiket elektronik dan peluncuran jenama Commuter Line
Pada bulan Juli 2011, perusahaan ini menyederhanakan jumlah rute utamanya menjadi hanya lima rute, menghapus KRL Ekspres, dan mengubah nama KRL Ekonomi AC menjadi Commuter Line.
Pada bulan Februari 2012, perusahaan ini mengganti Kartu Trayek Bulanan (KTB) dan Kartu Langganan Sekolah (KLS) dengan kartu elektronik Commet yang memiliki masa aktif satu bulan dalam satu kali pembayaran. Pada bulan Desember 2012, perusahaan ini menghapus kartu elektronik Commet, sehingga hanya tersedia tiket harian untuk satu kali perjalanan.
Pada bulan Juli 2013, perusahaan ini mulai menerapkan sistem tiket elektronik (Tiket Harian Berjaminan dan Kartu Multi-Trip) dan sistem tarif progresif per stasiun, serta menghapus Commuter Line Ekonomi, sehingga hanya tersedia satu kelas Commuter Line. Pada bulan Desember 2013, perusahaan ini mulai memberlakukan Tiket Harian Berjaminan (THB) untuk satu kali perjalanan dengan jaminan kartu sebesar Rp5.000.
Baca Juga:Bupati Bogor Pangkas Anggaran Tak Penting Rp717 Miliar, Untuk Apa Saja?
2014–2015: Rangkaian panjang, mesin tiket dan kartu uang elektronik
Pada bulan Januari 2014, Kereta Api Indonesia mengalihkan pengelolaan pegawainya yang berhubungan langsung dengan operasional KRL ke perusahaan ini. Pada bulan Maret 2014, perusahaan ini mulai mengoperasikan Commuter Line dengan stamformasi 10 kereta (SF10) di lintas Bogor.
Pada bulan Juni 2014, perusahaan ini meluncurkan integrasi kartu uang elektronik terbitan BRI, BNI, dan Mandiri sebagai alat pembayaran tiket Commuter Line. Pada bulan April 2015, perusahaan ini mulai menerapkan tarif progresif per kilometer jarak tempuh.
Kereta Api Indonesia juga mengalihkan pengelolaan sebagian Balai Yasa Manggarai yang digunakan untuk perawatan tahunan Commuter Line ke perusahaan ini. Pada bulan September 2015, perusahaan ini mulai mengoperasikan Commuter Line dengan stamformasi 12 kereta (SF12) di lintas Bogor.
Pada bulan Desember 2015, perusahaan ini mulai mengoperasikan Commuter Line relasi Tanjung Priok–Jakarta Kota pp. dan mesin tiket Stasiun Jakarta Kota dan Stasiun Sudirman.
Baca Juga:Bogor Jadi Laboratorium Nasional! Cak Imin Luncurkan Jurus Ampuh Atasi Kemiskinan dan Masalah Sosial
