Pada bulan Januari 2014, Kereta Api Indonesia mengalihkan pengelolaan pegawainya yang berhubungan langsung dengan operasional KRL ke perusahaan ini. Pada bulan Maret 2014, perusahaan ini mulai mengoperasikan Commuter Line dengan stamformasi 10 kereta (SF10) di lintas Bogor.
Pada bulan Juni 2014, perusahaan ini meluncurkan integrasi kartu uang elektronik terbitan BRI, BNI, dan Mandiri sebagai alat pembayaran tiket Commuter Line. Pada bulan April 2015, perusahaan ini mulai menerapkan tarif progresif per kilometer jarak tempuh.
Kereta Api Indonesia juga mengalihkan pengelolaan sebagian Balai Yasa Manggarai yang digunakan untuk perawatan tahunan Commuter Line ke perusahaan ini. Pada bulan September 2015, perusahaan ini mulai mengoperasikan Commuter Line dengan stamformasi 12 kereta (SF12) di lintas Bogor.
Pada bulan Desember 2015, perusahaan ini mulai mengoperasikan Commuter Line relasi Tanjung Priok–Jakarta Kota pp. dan mesin tiket Stasiun Jakarta Kota dan Stasiun Sudirman.
Baca Juga:Bupati Bogor Pangkas Anggaran Tak Penting Rp717 Miliar, Untuk Apa Saja?
